Từ năm 1572 đến năm 1582 là thời kì hưng thịnh của triều đại Vạn Lịch. Kho lương tích trữ đủ dùng trong hơn 10 năm, quốc khố có hơn 400 vạn lượng vàng. Năm 1573, Thái sư Trương Cư Chính một mặt giảm bớt quan lại vô dụng, mặt khác bắt đầu kiểm soát chi phí hoàng thất, bởi vậy đã mang lại nhiều hiệu quả nhất định.

Năm 1577, Trương Cư Chính đề xuất tiến hành đo đạc đất đai trong cả nước, tăng cường sản xuất. Tới năm 1581, Trương Cư Chính hoàn tất việc đo đạc đất đai, tổng số đất đo đạc là 900 vạn khoảnh, nhiều hơn 800 vạn khoảnh thời Minh Hiếu Tông Hoằng Trị. Đồng thời Trương Cư Chính còn trọng dụng hiền tài như Thích Kế Quang, Lý Thành Lương và Vương Sùng Cổ và tìm nhiều chính sách để vỗ về với nhà Bắc Nguyên ở Mông Cổ. Vạn Lịch khen Trương Cư Chính biết dùng người thỏa đáng.

Thời gian 10 năm đầu thời Vạn Lịch, nhà Minh được chứng kiến sự phát triển về quân sự và thịnh vượng về kinh tế trong hơn cả trăm năm từ thời Vĩnh Lạc của Minh Thành Tổ và thời Nhân Tuyên chi trị của Minh Nhân Tông và Minh Tuyên Tông.

Năm 1582, Trương Cư Chính lâm bệnh mà qua đời. Vạn Lịch ban đầu tỏ ra đau xót, cho để tang nhiều ngày trong triều và tổ chức nghi lễ chôn cất rất long trọng. Nhưng Vạn Lịch sau đó đã hoàn toàn thay đổi. Ngay sau khi lên nắm quyền, Vạn Lịch đã tìm đọc được một tờ dâng sớ cũ của Cao Củng, nội dung chủ yếu là tố cáo sự độc ác xấu xa của bọn Trương Cư Chính và Phùng Bảo. Phùng Bảo trước đây được xem là tai mắt của Lý thái hậu, nhiều lần bẩm báo với thái hậu về những tật xấu của Vạn Lịch khiến ông thường xuyên chịu phạt. Vạn Lịch vốn không ưa Phùng Bảo nên khi xem sớ xong thì vô cùng tức giận, trước hết tống cổ Phùng Bảo ra khỏi triều đình, cho người kiểm tra tài sản của ông ta thì phát hiện số lượng lên đến 100 vạn kim ngân, châu báu nhiều vô kể. Vua còn điều tra thấy Trương Cư Chính tham ô rất nhiều tiền của, đất đai. Vì không muốn chấp nhận số phận của mình trong thời gian sống với Trương Cư Chính, Vạn Lịch rất căm ghét ông ta. Ban đầu, ông xóa bỏ hết những cải cách của Trương Cư Chính, tiếp đến là xóa bỏ những ràng buộc đối với hoàng đế và cơ cấu chính trị.